Ưu điểm của STM

• STM là một kỹ thuật ghi ảnh hình thái học và cấu trúc (cấu trúc vật lý, cấu trúc điện từ...) bề mặt với độ phân giải rất cao và cho ảnh chất lượng cao.
• STM không đòi hỏi việc phá hủy mẫu như kính hiển vi điện tử truyền qua (thiết bị chụp ảnh với độ phân giải tương đương).
• STM còn cho phép tạo ra các phép thao tác trên bề mặt cho quá trình chế tạo.

Nhược điểm của STM

• Mẫu sử dụng trong STM phải là mẫu dẫn điện hoặc bán dẫn.
• Việc đo đạc STM đòi hỏi bề mặt mẫu siêu sạch và việc chống rung là một đòi hỏi lớn.
• Tốc độ ghi ảnh trong STM thấp.
• STM chỉ giới hạn cho cấu trúc bề mặt